阴茎癌可以产生后遗症，主要是由于经过手术治疗后，需要重建尿道外口，在恢复的过程中可能发生尿道外口狭窄，使病人出现排尿不畅等后遗症。
阴茎癌早期发生淋巴结转移，在手术过程中还需要进行腹股沟的淋巴结清扫，容易在术后发生切口不愈合或局部严重瘢痕形成，限制髋关节及下肢活动。此外，阴茎癌手术切除后，还可以导致性功能丧失。