治疗幽门螺杆菌感染一般情况采取四联疗法，也就是质子泵抑制剂，比如奥美拉唑、兰索拉唑、雷贝拉唑、泮托拉唑等药物，加上一种铋剂，包括枸橼酸铋钾、胶体果胶铋，另外加上两种抗生素，抗生素的选择可以是阿莫西林、左氧氟沙星、呋喃唑酮、甲硝唑或者替硝唑等。
抗HP治疗的时候，药物的副作用表现为不同药物所产生的不同反应。针对质子泵抑制剂，包括奥美拉唑为代表的药物，可能会出现恶心、呕吐、反胃、腹胀等表现，严重时可以出现肝功能的异常，有的部分病人可能会出现皮疹。
应用抗生素过敏的时候，可以表现为全身皮疹，有的表现为腹部饱胀、反胃、恶心等表现。口服铋剂时可以出现大便颜色发黑，出现黑便等表现。