二胎胎停育最大的原因可能是胚胎的因素导致胎停育，胚胎的染色体异常是流产的主要原因。二胎的女性因为年龄一般都比一胎时的年龄要大，35岁以上的高龄产妇可能相对来说居多，这种胚胎染色体出现问题的可能性就越大，大概有50%-60%的流产，就发现都跟染色体相关，可能出现染色体异常，包括数目异常比如三体、三倍体，结构异常比如染色体缺失、断裂，都可能会因为染色体问题导致流产。
此外，还可能跟母亲的内分泌异常，比如黄体功能不全、甲状腺功能低下、糖尿病有关，一些免疫的异常比如抗磷脂综合征也可能会导致流产。子宫的异常比如子宫黏膜下肌瘤和子宫内膜息肉，影响胚胎种植可能导致流产。一些情绪上的刺激，比如紧张、焦虑情绪也跟流产有关系，抽烟、过度摄取咖啡因也可能会到流产，环境上面比如一些毒物、放射线的接触，还有化学物质的接触，也可能会导致流产的发生。