1、甲状旁腺激素合成减少：
（1）先天性或遗传性甲状腺功能减退症：较少见。先天性或遗传性甲状旁腺功能减退症患者可为甲状旁腺发育相关的基因异常或编码甲状旁腺激素的基因突变导致甲状旁腺激素生物合成环节异常，也可以是钙感受体的激活突变导致低钙血症时患者的甲状旁腺激素分泌仍然持续抑制。可同时合并甲状腺和肾上腺皮质功能减退、1型糖尿病，为多内分泌腺自身免疫综合征，与基因突变有关；有的患者血中尚可检出抗胃壁细胞、甲状旁腺、肾上腺皮质和甲状腺的自身抗体。
（2）获得性甲状旁腺功能减退症：较常见，多为甲状腺手术时误将甲状旁腺切除、损伤及有关血管受损所致。因血供受损或腺体的机械损伤所致的短暂的甲旁减更为常见。头颈部其他肿瘤的手术、甲状腺功能亢进症接受放射性碘治疗后或因浸润性病变如癌转移、血色病、结节病等累及甲状旁腺时可继发甲状旁腺功能减退症。获得性甲旁减还可以因钙感受体自身抗体所致。
（3）特发性甲状旁腺功能减退症：指病因未明的甲状旁腺功能减退症。
2、甲状旁腺激素分泌减少：甲状旁腺激素释放需要镁离子存在，低镁血症可引起甲状旁腺激素分泌减少或者不适当地“正常”，补充镁后甲状旁腺激素释出增加。在慢性胃肠道疾病，营养缺乏或顺铂治疗的患者中可见严重低镁血症所致甲状旁腺激素分泌减少。低镁还可影响甲状旁腺激素在骨骼和肾脏的效应环节，加重低钙。
3、假性甲状旁腺功能减退症：如假性甲状旁腺功能减退症Ⅰ型和Ⅱ型。