甲状腺过氧化物酶是一种潜在的自身抗原，当从细胞内向细胞外泄漏后，可刺激机体产生抗甲状腺过氧化物酶抗体。抗甲状腺过氧化物酶抗体的测定有助于诊断自身免疫性疾病，抗甲状腺过氧化物酶抗体增高，可考虑诊断慢性淋巴细胞性甲状腺炎（桥本甲状腺炎）和Graver病（毒性弥漫性甲状腺肿）。但是还要结合其它如甲状腺球蛋白抗体、促甲状腺素受体抗体、甲状腺素水平等指标综合判断，才可以明确诊断。