牙源性角化囊肿因其本身既有肿瘤的特点，又有囊肿的性质，所以在治疗时需要结合颌骨囊肿和良性肿瘤的两种方法，采取综合治疗。早发现、早诊断、早治疗，有助于减少并发症的出现。治疗原则应以减少感染、防止囊肿破裂、完整摘除囊肿以及防复发为主。
一、药物治疗
如果牙源性角化囊肿伴有感染，需先用抗生素或其他抗菌药物控制炎症后再行手术治疗。抗菌药物可以选择广谱抗生素，如头孢丙烯等头孢菌素、红霉素等大环内酯类或者甲硝唑等厌氧菌抗生素。术后为了防止感染的发生，所以也可以常规抗炎治疗。
二、手术治疗
1、牙源性角化囊肿刮除术：该类手术入路同于其他颌骨囊肿，意义在于可一次刮除干净并缝合。
2、经口外入路刮除术：对于下颌角处或下颌升支的囊肿，甚至该处较大的囊肿应选用口外入路切除，方便暴露视野，方便手术医生眼睛直接看到，然后刮除囊肿。如不能彻底刮除，可酌情去除部分骨质。
3、颌骨节段切除术：当角化囊肿病变范围大，穿破颌骨侵犯到周围组织时，或病变已经累及颌骨导致颌骨骨折时，除施行角化囊肿刮除术外，可行颌骨节段切除，该类术式的意义在于根治病变部位，避免复发。
4、上颌窦根治术：当牙源性角化囊肿范围比较广，且累及上颌窦时，或者上颌窦本身即有合并炎症时，可同时行上颌窦根治术。严密缝合内切口的同时，需在骨腔内填塞碘仿纱条充分引流，由下鼻道开窗引流，一般术后3~5天可由医师拔除纱条，该手术的意义在于累及范围较大，连同累及的上颌窦一同切除。