肾囊肿合并肾积水的治疗方法取决于肾囊肿的大小、位置以及肾积水的轻重程度，还有局部的压迫症状及其他临床表现等。对于囊肿小于4cm，伴有轻度肾积水的患者，不予进行特殊的药物治疗或其他的微创治疗，需要做好定期观察，同时嘱患者要轻排尿，防止憋尿，防止尿路感染的发生。
对于肾囊肿较大，超过4cm，同时肾积水又比较严重的情况下，再加上产生了明显的腰疼、血尿、反复的尿路感染以及囊肿感染时，就需要进行微创治疗，包括囊肿的引流，肾积水的微创治疗，可以进行肾盂造瘘等。其目的是使囊肿尽快缩小，解除肾积水造成的肾脏压力，使肾功能不受损伤或者延缓损伤。