十二指肠球溃疡有部分人有可能会自愈，因为在做内镜的过程中，可以看到有些患者有十二指肠球变形、十二指肠球溃疡的瘢痕，在追问患者的时候，患者并不知道自己得过十二指肠球溃疡。但是，还有很多患者的十二指肠球溃疡不会自愈，可能会导致患者上腹的疼痛、空腹痛、夜间痛，有时候进食物以后反而能够缓解。
值得注意的是十二指肠球溃疡的原因，有相当一部分，也就是绝大部分的十二指肠球溃疡都是因为有幽门螺旋杆菌感染所引起，就算治愈的十二指肠球溃疡的患者，如果持续的存在幽门螺旋杆菌感染，十二指肠球溃疡有可能还会再复发。所以一旦知道自己有十二指肠球溃疡，一定去检查有没有细菌感染。如果根治了幽门螺旋杆菌，十二指肠球溃疡复发的几率会明显的下降。