由于孕酮测定需要抽血检查，所以可能导致轻微的不舒服，但一般都可以忍受。少部分情况下，晕血、晕针以及过于怕疼的人群，在抽血过程中患者可能会感到些许不适，可采取相应的措施克服。
另外，在抽血之后如果按压不当，可能会导致抽血处出血、血肿。如果之后未做好护理，如未保持局部的清洁干燥，不小心污染伤口，还可能会使伤口感染。