到目前为止，流行性乙型脑炎的有效预防措施仍然是乙脑疫苗。和所有的疫苗一样，在接种乙脑疫苗的时候，也会出现接种反应。主要包括接种部位的局部反应红肿，发烫，肿痛，甚至是个别有化脓感染。有的患儿还会出现轻度的全身症状，主要是发热，一般不会超过38摄氏度。少数患儿可能会有头晕，头痛，恶心呕吐等不适。偶尔有一些患儿会出现皮疹，血管源性的水肿以及过敏性休克。