巨幼细胞性贫血是良性血液系统疾病，补充叶酸和维生素B12是基本治疗方案。若存在原发病的情况，还应针对原发基础病治疗。
一、药物治疗
1、叶酸缺乏：口服叶酸，用至贫血表现完全消失，若无原发病，不需维持治疗。如同时有维生素B12缺乏，则需同时注射维生素B12，否则可加重神经系统损伤。大量长期使用叶酸可使得尿液颜色发黄，本药不良反应较少见。
2、维生素B12缺乏：肌注维生素B12，无维生素B12吸收障碍者可口服维生素B12片剂，直至血象恢复正常，若有神经系统表现，治疗维持半年到1年。恶性贫血病人，治疗维持终身。使用期间有可能出现低钾血症和高尿酸血症，应注意监测，必要时用药干预。
二、手术治疗
本病一般无手术治疗。
三、其他治疗
1、原发病的治疗：若存在原发病，如胃肠道疾病、自身免疫性疾病等，应积极治疗原发病，只有根治病因，才能纠正贫血并彻底治愈。
2、补铁治疗：若单纯补充叶酸或维生素B12后，贫血改善不满意时，要注意是否合并缺铁，重症病例治疗后因大量红细胞新生，也可出现相对缺铁状态，需及时补充铁剂。
3、输血治疗：当血红蛋白低于75g/L，患者有感染、脏器功能衰竭，甚至恶病质的表现时，应考虑输悬浮红细胞治疗。