系统性红斑狼疮性巩膜炎主要是由于系统性红斑狼疮所致，系统性红斑狼疮患病原因尚不明确，可能与遗传、性激素、食物、药物、阳光等原因有关，好发于20～40岁的育龄女性。
一、主要病因
1、遗传：流行病学及家系调查资料表明系统性红斑狼疮患者第1代亲属中患系统性红斑狼疮巩膜炎者8倍于无系统性红斑狼疮巩膜炎患者家庭，单卵双胞胎患系统性红斑狼疮巩膜炎者5～10倍于异卵双胞胎的系统性红斑狼疮巩膜炎发病率。大部分病例不显示有遗传性。易感基因，多年研究已证明系统性红斑狼疮巩膜炎是多基因相关疾病。有HLA-ⅢⅢ类的C2或C4的缺损，HLA-ⅡⅡ类的DR2、DR3频率异常等。
2、外来抗原(如病原体、药物等)引起人体B细胞活化，易感者因免疫耐受性减弱，B细胞通过交叉反应与模拟外来抗原的自身抗原相结合，并将抗原呈递给T细胞，使之活化，在T细胞活化刺激下，B细胞得以产生大量不同类型的自身抗体，造成大量组织损伤。
3、雌激素：女性患者明显高于男性，在更年期前阶段为9:1，儿童及老人为3:1。
二、诱发因素
1、阳光：紫外线使皮肤上皮细胞出现凋亡，新抗原暴露而成为自身抗原。
2、药物、化学试剂、微生物病原体等也可诱发疾病。