甲硝唑输入最常见的不良反应是胃肠道反应，如恶心、呕吐、腹痛。还有过敏反应，如皮疹、呼吸道痉挛引起的呼吸困难、过敏性休克等。还有双硫仑反应，用药期间饮酒（包括用药前一周和用药后两周期间饮酒）导致的，如呼吸困难、气短、心动过速、血压下降、颜面潮红，重者会出现休克、意识不清等。甲硝唑类药物属于抗厌氧菌的药物，为了减少不良反应可以用奥硝唑或左奥硝唑行静脉输液，这样能减少不良反应的发生。