直肠肿瘤的治疗方法，包括了手术、放疗、化疗以及靶向治疗。目前手术是直肠肿瘤治疗最重要的方法，很多能够得到根治的直肠肿瘤患者，都是以手术治疗为主，辅助术前或者术后的放疗、化疗。先要强调一下，手术是根据直肠上不同的肿瘤生长部位，来决定不同的手术方式。
直肠癌根治术很多情况下不能够保住肛门，但是如果肿瘤距离肛门相对比较远，一部分患者现在可以做保肛手术，这样能够给患者精神和肉体带来些改善。除此之外，除了传统的手术、放疗、化疗，现在随着分子病理学的进一步进展，一部分直肠癌患者可以应用西妥昔单抗或者贝伐珠单抗，这样的靶向药物。一小部分直肠癌如果存在错位基因修复缺陷的一类特点，还可以应用免疫治疗，获取更好的疗效。