目前暂时没有特异而有效的预防扁桃体囊肿的方法，但良好的生活方式对预防扁桃体囊肿有帮助。
（1）积极治疗呼吸道疾病，如扁桃体炎、咽炎等。
（2）生活要有规律，不要熬夜。
（3）注意口腔清洁卫生，早晚刷牙，饭后漱口。
（4）注意保暖，天气变化时，应及时增减衣物。
（5）日常饮食注意均衡营养，保证蛋白质等营养充足。
（6）室内定期通风，通风时注意保暖。
（7）经常锻炼身体，增强体质，每天运动至少20分钟，可做快走、打太极拳、打羽毛球等运动。