引起孩子肠炎的原因是多种多样的，最常见的是感染因素，常见的有病毒、细菌、真菌、寄生虫等，以病毒感染最多见。如秋季腹泻最常见的是轮状病毒性肠炎；肠道外感染患儿如患中耳炎、肺炎、皮肤感染时，也可以并发肠炎；使用抗生素也可以引起肠炎。饮食因素如喂养不当、过敏性因素、乳糖酶缺乏和天气突然变化等也可以引起孩子肠炎。