中毒性菌痢多见于2-7岁的儿童，起病急骤高热，全身中毒症状明显，临床上可表现为感染性休克和中毒性脑病。病初肠道症状轻或缺如，做肛拭子检查可发现黏液脓血便。中毒性菌痢的治疗原则是降温止惊、解除血管痉挛、防治休克、脑水肿以及抗菌药物的应用。
第一个是降温止惊，高温可引起惊厥而加重脑缺氧和脑水肿，故应积极给予物理降温，必要时给予退热药如安乃近，将体温降至38℃以下，必要时在有效抗菌药物应用下使用肾上腺皮质激素减轻毒血症。
第二个是抗休克，要扩充血容量纠正酸中毒，改善微循环障碍，保护重要脏器的功能。
第三个是纠正呼吸衰竭，呼吸衰竭发生于脑循环障碍所致的脑缺氧、脑水肿有关，早期亚冬眠疗法和改善微循环障碍的治疗有预防的作用。
第四个是抗菌治疗，药物的选择基本与急性菌痢相同，但先采用静脉给药，可用左氧氟沙星、环丙沙星和头孢曲松等，病情好转后改为口服药物，剂量和疗程同急性菌痢。