妊娠合并动脉导管未闭没有明确的发病原因，目前认为是多种因素共同作用所致，从而引起心脏结构异常，考虑与母体感染、遗传因素、母体用药及其他因素有关。
一、主要病因
1、遗传因素：父母一方患先心病，其子女患先心病的概率远高于普通人群。
2、母体疾病：母亲怀孕期间感冒或受到风疹病毒感染。
3、其他因素：如母亲为高龄产妇、父亲大量饮酒，或者女性长期接触放射线或接触过化学有毒物质等，都可能导致胎儿畸形。
二、诱发因素
1、药物因素：母亲怀孕期间服用某些药物或不合理应用，如阿司匹林、避孕药、抗肿瘤药等，易导致胎儿血管畸形，长大后在怀孕时可能患该病。
2、环境因素：母亲怀孕期间接触有毒、有害环境或住在高原地区，易导致胎儿发生动脉导管未闭，则长大后，在妊娠时易患此病。
3、遗传因素：具有心脏病或其他家族史的人群，如唐氏综合征，容易罹患妊娠合并动脉导管未闭。