益生菌制剂是临床常用的一类药物，益生菌制剂主要是通过直接补充肠道内正常菌群的成员，或者是协助建立一种有利于正常肠道菌群生长的环境，从而达到平衡肠道菌群、改善菌群失调的作用，常用的益生菌制剂包括双歧杆菌，如杆菌、肠链球菌、枯草杆菌、地衣芽孢杆菌等。
益生菌制剂在临床上广泛应用于肠道菌群失调相关的腹胀，以及腹泻、便秘等症状，同时广泛应用于抗生素相关性腹泻的治疗。由于益生菌制剂具有较强的安全性，因此在上述菌群失调相关的临床表现持续出现时，可以比较长期的服用益生菌制剂，但是如果没有相关的临床表现，不建议将益生菌作为一种保健药物长期服用。