软骨发育不全的总体治疗为长期持续性治疗，以手术治疗治疗为主，同时配合药物治疗，其他治疗主要是术后进行科学的康复训练为主。
一、一般治疗
进行手术治疗结合药物治疗的方式，主要是对畸形肢体的矫正，帮助患儿恢复正常功能。
二、药物治疗
1、骨化三醇：这是常用的治疗骨质较差患者的药物，对于患者骨质的恢复有一定的作用，可作为本病的辅助用药。
2、生长激素：用于促进患儿的生长发育，从而改善由于软骨发育不全导致的畸形。
3、补肾固精丸：这常见的中成药，对于先天性的软骨发育不全患儿有一定促进发育作用。
三、手术治疗
1、肢体畸形矫正术：主要针对于膝关节畸形的患儿，通过半侧骨骺阻滞的方法进行矫正，但由于手术本身较为复杂，因此需要较长的时间，部分患者的术后效果不理想，对于年龄稍大的患者需要股骨及胫骨截骨的方式进行缓慢的矫正。
2、肢体延长术：由于大部分软骨发育不全的患儿升高达不到正常水平，因此需要进行股骨和胫骨的延长，同时需要一次双侧肱骨延长，从而使得患者能够正常生活。
四、其他治疗
1、康复锻炼：软骨发育不全的其他治疗主要以术后的康复训练为主，在医生指导下进行科学的康复训练，可促进术后患儿尽快恢复自身功能，将疾病的影响降到最低。
2、基因治疗：基因治疗的早期概念是向靶细胞引人外源性基因。未来将通过基因治疗方法，用正常基因替代靶细胞内突变的基因，使其表达正常的FGFR3，达到从基因水平治疗软骨发育不全的目的。