肺结核的诊断依据有很多，比如血沉的指标、皮肤结核菌素试验(PPD试验)，结核感染的T细胞检测、X胸片、CT、痰的结核菌检测都是诊断肺结核的依据，但是判断肺结核有无的传染性，主要还是要靠痰的结核菌涂片，痰的结核菌培养，还有最新的痰结核菌基因检测这三个方面来判断，肺结核的病人有无传染性。
对于痰菌涂片阳性的病人，绝大部分可以诊断为菌阳的肺结核病人，但是要通过最后的结核菌培养及菌群的鉴定，来排除少部分非结核分枝杆菌的病人，目前的结核菌菌基因检测敏感性比较高，提高了结核病的确诊率，部分病人可以痰结核菌涂片和培养阴性，但是痰基因芯片检测为阳性，这部分病人也是有一定的传染性。