慢性结肠炎的治疗主要是包括几个方面：第一药物治疗可以选择1.氨基水杨酸制剂，典型代表为硫氮磺比啶，是治疗本病的常用药物，较适用于轻型、重型。或是经糖皮质激素治疗已有缓解者。其他的氨基水杨酸制剂还包括有美沙拉嗪，奥沙拉嗪，其中美沙拉嗪近几年较为常用。2.可以选择糖皮质激素类，适用于对氨基水杨酸制剂疗效不佳的轻、中型病人。3.可以选择免疫抑制剂，适用于对糖皮质激素治疗效果不佳，或是对糖皮质激素已产生依赖的病人。第二手术治疗，主要针对肠穿孔，大出血，中毒性巨结肠及内科治疗无效的患者。由于本病缺乏特异性治疗，所以治疗主要是以对症缓解为主。