脑梗死常见的病因是心源性栓子脱落，是由心房颤动所引起。慢性心房颤动患者会有栓子和壁血栓形成，如果血栓脱落随血流进入脑组织，将导致脑血管闭塞和大面积脑梗死。
类风湿性心脏病也会有栓子脱落，导致心源性脑梗死栓塞。栓子脱落不是由心脏所引起，例如栓子是由患者颈内动脉斑块脱落而形成，抗凝治疗是脑梗死的主要治疗方法。