检查肛瘘的方法主要有直肠指诊，核磁共振和超声检查。其中最常用最简单的检查是直肠指诊，通过直肠指诊可以触及肛瘘瘘管，发现肛瘘内口，对于一些没有外口的内盲瘘也可以通过直肠指诊发现瘘管及内口，指诊的准确率和医生的经验有关。高位肛瘘直肠指诊往往不够准确，而核磁共振和超声检查则可以对高位及复杂性肛瘘进行诊断，不仅能诊断肛瘘，还能确定内口及瘘管的走向，为手术提供依据。