肠镜小肠检查，可以采取单人操作或双人操作。先让病人穿上带孔的检查裤，取左侧卧位，双腿屈曲，助手先用硅胶油，滑润肠管以后，让病人张口呼吸，放松肛门括约肌。
右手食指指压镜头使镜头滑入肛门，按照术者循腔进镜。在进行过程当中，助手以适当的手法按压腹部，以减少乙状结肠、横结肠结袢，少量注气、适当拉钩、去弯取直、防袢、解袢。
到达回盲部，主要是内侧皱襞夹角处，可以见圆形或椭圆形的漏斗状阑尾开口，部分病人在右下腹部体表可以见到集中的光团，在回盲瓣口尽可能的调整肠镜前端的角度，插入或者挤入回盲瓣，观测回肠末端15-30cm范围的肠腔以及黏膜。退镜的时候操纵，上、下、左、右旋转，灵活旋转前端，环视肠壁，适量注气、抽气，仔细观察。