这两种病变都属于肝脏病变，但是二者的病变部位不同，疾病的形成机制也有所差别。首先肝内胆管结石是指位于肝内的胆管中出现胆固醇结晶或胆色素结晶，这是由于胆汁淤积浓缩导致的。肝内钙化灶则是由于肝内某一部分出现炎性损伤后，经过治疗后会好转，但是损伤的部位会则逐渐演变为纤维化，最终发展为钙化。肝内胆管结石一般与胆囊炎或者不吃早餐有关，肝内钙化则与肝炎有关。