肛瘘形成后的症状有流脓：肛门周围总是流一些分泌物，时好时坏，反复发作；肿痛：前期一般不疼，当脓液集成于管腔内引流不畅时，局部肿痛，当脓液流出后疼痛马上减轻。由于肛瘘漏出一些肠液，还有粪样物，刺激肛管周围的皮肤，引起湿疹，形成肛周皮炎；由于皮炎，湿疹刺激引发的瘙痒也是肛瘘的一种症状。复杂的肛瘘常有排便困难、贫血、身体消瘦等症状。