手足口病的治疗主要是对症支持治疗为主，在病情严重，患有脑炎、神经源性肺水肿、循环衰竭等情况下，需要酌情应用甘露醇、机械通气，甚至体外生命支持等处理。
一、一般治疗
1、注意隔离，避免交叉感染，清淡饮食，做好口腔和皮肤护理。积极控制高热，体温超过38.5℃者采用物理降温，如温水擦浴、使用退热贴等，或应用退热药物治疗，常用药物有布洛芬、对乙酰氨基酚，两次用药的最短间隔时间为6小时。
2、保持患儿安静，惊厥病例需要及时止惊，常用药物有咪达唑仑、地西泮。需严密监测生命体征，做好呼吸支持准备，也可使用水合氯醛灌肠，抗惊厥。保持呼吸道通畅，必要时吸氧，注意营养支持，维持水、电解质平衡。
二、药物治疗
1、干扰素α喷雾或雾化：此药品常常适用于由病毒引起的初发或者复发性皮肤单纯疱疹，为免疫增强剂，常见的不良反应为引起局部的灼痛、瘙痒等症状。
2、利巴韦林静脉滴注：此药品为抗病毒药，常用语呼吸道合胞病毒引起的肺炎与支气管炎，长期服用可能对肝功和血象造成影响。
三、手术治疗
本病一般无需手术治疗。
四、中医治疗
手足口病属于中医“瘟疫、温热夹湿”等范畴，传变特点具有“卫气营血”的规律，根据病症，分期辨证论治。
1、普通型：脾肺湿热证：黄芩、藿香、连翘、金银花、滑石、牛蒡子、佩兰、白茅根、生薏苡仁、通草、青蒿、生甘草。
2、重型：湿热动风证：生石膏、大黄、生栀子、黄连、钩藤、天麻、菊花、生薏苡仁、羚羊角粉(代)、全蝎、白僵蚕、生牡蛎。
五、其他治疗
1、液体疗法：重症病例可出现脑水肿、肺水肿及心功能衰竭，应控制液体入量，有条件的医疗机构可依据中心静脉压(CVP)、动脉血压(ABP)等指导补液。
2、降颅压：常用20%甘露醇降低颅压，有心功能障碍者可使用利尿剂，如呋塞米静脉注射。
3、血管活性药物：第3期患儿以使用扩血管药物为主，可使用米力农。高血压者应将血压控制在该年龄段严重高血压值以下，可用酚妥拉明或硝普钠，由小剂量开始逐渐增加剂量，直至调整至合适剂量，期间密切监测血压等生命体征。第4期血压下降时，可应用正性肌力及升压药物治疗，如多巴胺、去甲肾上腺素、肾上腺素或多巴酚丁胺等，从低剂量开始，以能维持接近正常血压的最小剂量为佳。
4、静脉应用丙种球蛋白：第2期不建议常规使用静脉丙种球蛋白，有脑脊髓炎和持续高热等表现者以及危重病例可酌情使用，剂量1.0g/(kg•d)，连用2天。
5、糖皮质激素：有脑脊髓炎和持续高热等表现者以及危重病例酌情使用，可选用甲基泼尼松龙、氢化可的松或地塞米松，一般疗程3～5天。
6、机械通气：出现以下表现之一者，可予气管插管机械通气：
（1）呼吸急促、减慢或节律改变。
（2）气道分泌物呈淡红色或血性。
（3）短期内肺部出现湿性啰音。
（4）胸部X线检查提示肺部明显渗出性病变。
（5）脉搏血氧饱和度(SpO2)或动脉血氧分压(PaO2)下降。
（6）面色苍白、紫绀、皮温低、皮肤发花、血压下降。
（7）频繁抽搐或昏迷。
7、血液净化：血液净化辅助治疗有助于降低“儿茶酚胺风暴”，减轻炎症反应，协助液体平衡和替代肾功能等，适用于第3期和第4期患儿。
8、体外生命支持：包括体外膜肺(ECMO)、体外左心支持(ECLVS)、或ECMO+左心减压(LV vent)等，严重脑功能衰竭的患儿不建议使用。