农药中毒性肾病主要的病因为长时间持续性的接触农药。接触的农药包括有机磷农药，即敌百虫、敌敌畏等；有机氯农药，即六六六、杀螨砜等；熏蒸类农药，常见的有溴甲烷、四氯化碳等；除草剂类农药如百草枯或敌草快等。
1、有机磷农药中毒性肾病：接触有机磷农药中毒后，有机磷农药及其代谢产物可直接损害肾脏，会引起肾小球形态和功能改变。
2、有机氯农药中毒：当人体发生有机氯农药中毒时，其有毒物质可以使人体内三羧酸循环受到干扰，抑制细胞氧化磷酸化，导致细胞三磷酸腺苷生成减少，最终促使细胞凋亡。肾脏损害以肾小管病变为主。
3、熏蒸类农药中毒：接触熏蒸类农药中毒后，一般会抑制中枢神经系统，同时还可以导致肝肾功能的急性损害，甚至导致急性肾衰竭。
4、除草剂农药中毒：当人体发生此类农药中毒后，会影响肾小管细胞线粒体的作用，而引起氧化自由基的生成和脂质过氧化反应，逐渐的减少抗氧化自由基的数目，最后会引起相应的细胞损伤或凋亡。肾脏损害以急性肾小管坏死为主。