炎症性肠病目前病因未明，与环境、遗传及肠道微生态等多因素相互作用导致肠道异常免疫失衡有关。其发病机制可概括为环境因素作用于遗传易感者，在肠道微生物参与下引起肠道免疫失衡，损伤肠黏膜屏障，导致肠黏膜持续炎症损伤。
一、主要病因
炎症性肠病目前病因未明，可能原因如下：
1、环境因素：近几十年来，全球炎症性肠病的发病率持续增高，这一现象首先出现在经济社会高度发达的北美及欧洲。以往该病在我国少见，近十多年明显增多，已成为消化系统常见病，这一疾病谱的变化，提示环境因素发挥了重要作用。至于哪些环境因素发挥了关键作用，目前尚未明了。
2、遗传因素：炎症性肠病发病具有遗传倾向，一级亲属发病率显著高于普通人群。
3、肠道微生态：炎症性肠病病人的肠道微生态与正常人不同，用转基因或敲除基因方法造成免疫缺陷的炎症性肠病动物模型，必须在肠道微生物存在的前提下才发生炎症反应，抗生素治疗对某些炎症性肠病病人有效，说明肠道微生物在炎症性肠病的发生发展中起重要作用。
4、免疫失衡：各种因素引起Th1、Th2及Th17炎症通路激活，炎症因子(如IL-1，IL-6、IL-8，TNF-α、IL-2、IL-4、IFN-γ等)分泌增多，炎症因子/抗炎因子失衡，导致肠道黏膜持续炎症，屏障功能损伤。
二、诱发因素
1、药物：长期应用广谱抗生素、大量应用免疫抑制剂以及接受大量雌激素治疗等，可诱发炎症性肠病。
2、感染：肠道反复的细菌、真菌、病毒感染，会破坏肠道微环境。
3、营养不良：营养不良会使患者的抗感染能力减弱，影响肠道伤口的愈合，从而影响人体对药物治疗的反应。
4、社会心理因素：应激和抑郁症在炎症性肠病的恶化中也起到一定作用。