舌咽神经痛是因为患者的舌咽神经从脑干发出来的这一部分，还没有来得及形成神经鞘保护，容易受到附近小动脉搏动的骚扰，小动脉搏动刺激到舌咽神经表面的痛温觉神经纤维，从而造成舌咽神经疼痛。患者表现为患侧的咽后壁咽喉区域的黏膜部位，反复的顽固的发作性疼痛。部分患者口服卡马西平可以获得缓解，彻底的治疗方法还是微血管减压术，除此之外是不可能自愈。