在西方国家，布加综合征多因血液高凝状态导致肝静脉血栓所致，常不涉及下腔静脉，或因肝脏明显肿大外压下腔静脉而继发下腔静脉高压。而在东方国家，则以发育异常为多见。在胚胎发育过程中，心下静脉向下，肝总静脉向上生长，此后二者连接后必须沟通。若二者发育到一定阶段而停止，即可导致下腔静脉发育异常，多为隔膜、蹼状、筛状或膜状。部分病人为肝静脉内血栓形成，血栓也可以繁衍至肝后下腔静脉，形成肝静脉一下腔静脉阻塞。其他原因：如真性红细胞增多症、阵发性夜间血红蛋白尿、口服避孕药、白塞综合征、非特异性血管炎症、血液高凝状态等引起的下腔静脉血栓形成。腔外压迫如肿瘤，肥大的肝尾叶或妊娠等均　可导致本病的发生。