肺囊性纤维化可于婴幼儿时期发病，但更多于儿童期发病，约3%在成年后做出诊断。18%的患儿在出生24小时后可出现不安、腹胀、拒奶及呕吐等胃肠道梗阻症状，大多数患儿到1~2岁时可出现发热、咳嗽、咳痰、呼吸困难、生长发育迟缓等症状。部分患者出现消化及营养不良、生殖系统表现，在婴儿期还会出现梗阻性黄疸，还有的患者可能会出现肝病相关症状。
一、典型症状
1、咳嗽：早期表现为间断咳嗽，随着病情加重咳嗽增加并持续，夜间和凌晨明显。痰液黏稠，不易咳出。
2、呼吸困难：痰液黏稠不易咳出，造成黏液阻塞气道，导致呼吸困难。
3、反复肺部感染：严重时由于痰液大量累积，容易发生肺部感染，支气管炎和肺炎是好发疾病，表现为发烧、剧烈咳嗽、常常伴有痰液，可有胸痛、全身乏力等。
4、慢性鼻窦炎：患者可能常常出现非感冒导致的鼻塞、头痛、鼻后滴流(鼻涕倒流入咽喉部)等。
5、胎粪性肠梗阻和梗阻性黄疸：常在出生后3周内发生，持续20～180日，可伴有胎粪性小肠梗阻、小肠闭锁、肠扭转，黏稠的胆汁淤积是导致肝外阻塞的原因，肺囊性纤维化可伴有梗阻性黄疸，甚至形成局灶性胆汁性肝硬化，部分可死于肝衰竭和其他的合并症，如有胎粪性回肠梗阻病史则应考虑本病。
6、消化及营养不良：新生儿肠黏液分泌和黏度增加，缺乏胰酶等影响蛋白质的消化，胰腺分泌不足则出现腹胀、腹部隆起、排出大量泡沫恶臭粪便等消化不良症状，甚至发生脂肪泻和氮溢。维生素缺乏，特别是维生素A缺乏可发生干眼病。患者虽食欲旺盛，饮食量足够，但仍营养不良和生长发育迟缓。胆道阻塞可出现黄疸，并发肝硬化时，可出现门静脉高压、脾机能亢进。婴儿若出汗过多，失去大量电解质和水分，容易引起虚脱。
7、肝病相关症状：胆汁性肝硬化，如门脉高压症的上消化道出血或脾肿大，有肝功能不全的表现，另外，可有肝肿大及生长迟缓。
二、其他症状
1、生殖系统表现：肺囊性纤维化还会影响生殖系统。因为黏稠的分泌液常常会阻塞连接睾丸和前列腺的管道(输精管)，因此导致许多男性囊性纤维化患者不育。与正常妇女相比，女性囊性纤维化患者的生殖能力也会下降。
2、发绀和指关节变形：肺囊性纤维化患者后期可有发绀和手指或足趾末端增生、肥厚、呈杵状膨大，即杵状指的表现。