肥胖症的原因分为单纯性的肥胖和继发性的肥胖两大类。单纯性的肥胖常是因为脂肪代谢紊乱的基因突变所导致，因为家族性的聚积是单纯性肥胖的特点，父母双方可能都有肥胖，子女单纯性肥胖的可能性比较大。
精神因素也可以导致肥胖，还有些属于营养过剩导致的肥胖。继发性肥胖常是继发于疾病，比如下丘脑综合征的患者可以出现肥胖，腺垂体功能减退症以及甲减、2型糖尿病早期、库欣综合征的患者可以出现继发性的肥胖。