消化不良的用药主要是根据消化不良的症状来选择，如果消化不良是以胃肠动力障碍为主要临床表现的，主要表现为腹胀、早饱、食欲的下降，可以伴有嗝逆、嗳气。这时候消化不良的用药可以用促动力药，同时也可以加用复方消化酶帮助消化。
如果消化不良的症状是以胃酸过多，也就是酸相关性胃病的表现为临床症状，这时候的用药应该选用抑酸药或者抗酸药。这时候患者的临床表现主要是上腹的隐痛、烧心、反酸，用药主要是抑制胃酸的药，如质子泵抑制剂、奥美拉唑、兰索拉唑、艾司奥美拉唑等，也可以用抗酸药，如铝碳酸镁等。