输尿管结核治疗有手术治疗和药物治疗，对于输尿管结合主要是由于肾结核向下迁延导致输尿管结核的产生，此类患者主要是进行药物治疗，中途不可以擅自停药，必须及时复查。手术治疗方法取决于输尿管病变的部位长度和肾功能情况，如果患者存在重度肾盂积水、肾及输尿管结核病变较重，可以去泌尿外科进行肾脏和输尿管的切除。
一、药物治疗
输尿管结核患者主要是进行药物治疗，首选抗结核一线用药，如异烟肼、利福平、吡嗪酰胺、乙胺丁醇，可以去泌尿外科或者感染科进行就诊，遵守早期、联合、适量、规律、全程治疗原则，中途不可以擅自停药，必须及时复查，否则容易导致停药结核复发，坚持联合用药和足够长疗程是治疗彻底的关键。
二、手术治疗
1、输尿管结核引起的狭窄早期，可行经膀胱镜置入输尿管支架管，扩张输尿管，引流尿液。
2、肾盂轻度积水而输尿管有明显狭窄者，可在抗结核治疗后手术切除狭窄段。狭窄段邻近膀胱者处理比较容易，可切除狭窄段后行输尿管膀胱再吻合术，效果一般都很好。
3、如输尿管狭窄段较长，而且有膀胱挛缩，可抗结核后在狭窄段上方行输尿管皮肤造口。如为孤立肾且积水严重，也可选择肾造瘘术或输尿管皮肤造瘘术。
4、如输尿管狭窄段较长，但无严重的膀胱结核，肾功能未遭严重损坏者，可采用回肠段代输尿管术。
5、输尿管完全梗阻，肾功能丧失，对侧肾功能良好时，行患侧肾、输尿管全长切除术。