胸内肾不影响正常肾功能，也不会造成慢性疾病，通常可以不治疗或仅仅在并发其他泌尿感染或泌尿结石时处理好并发症，且进行对症治疗即可，预后良好，药物方面可以选择喹诺酮类抗生素，手术可选择病肾切除术、手术取石。
一、药物治疗
喹诺酮类抗生素：常用于患者并发尿路感染时，在尿培养结果出来前，一般使用广谱抗生素，如喹诺酮类药物。一般静脉用药72小时后转为口服，整体用药时间一周左右。
二、手术治疗
1、病肾切除术：仅用于严重病变的胸内肾患者，如严重压迫、肾疾病严重感染或梗阻等。需要根据病肾在胸腔的具体位置及与周围组织的黏连制定个性化手术方案。
2、手术取石：仅用于胸腔内病肾出现泌尿系结石，需要及时取石，以免进一步肾损伤对胸腔内造成影响。
3、其他：若合并有膈疝相应症状，或者有经常性咳嗽和胸痛者可考虑在修补膈疝同时将胸内肾周围松解，位置下移。