确诊单心室这种心脏畸形之后，最好的方法就是应该尽快的行手术治疗。其中姑息性的手术治疗，以Glenn术式为主，即通过两次手术，先后将上腔静脉与下腔静脉直接连至肺动脉，再把肺动脉流出道与单心室分隔开，达到体循环与肺循环的分隔。还可以考虑直接以人造纤维织物，将单一的心室腔一分为二，各自接受一侧房室循环血液，达到理想的体循环和肺循环分隔，即是心室分隔术，但是这种手术对患者自身情况要求较高，围手术期的死亡率也较高。