慢性肠胃炎患者可以通过药物治疗、预防治疗等方式进行综合治疗，致病菌感染是引起慢性肠胃炎的常见病因。所以可以通过血液常规、大便常规等检测方式，确诊具体致病菌类型，再选用针对性的抗生素药物进行抗感染性治疗，常用药物类型有甲硝唑、头孢曲松、呋喃西林等。
对于慢性肠胃炎引起的恶心、呕吐、反酸、烧心、食欲不振等不良症状反应，可以配合质子泵抑制剂、消化道黏膜保护剂、益生菌等类型药物进行联合用药治疗。具体药物有氢氧化铝凝胶、雷贝拉唑钠肠溶片、枯草杆菌二联活菌颗粒等。另外，对于慢性肠胃炎患者，良好的生活以及饮食习惯对于加速病症康复，也起着积极性作用，如规律充足的作息、合理均衡的饮食、放松乐观的心态等。