一般情况下，做无痛胃镜是没有后遗症的，但是高血压、冠心病或者心脏疾病患者，在做无痛胃镜时会有非常大的风险，因此不建议做无痛胃镜。还有极个别的患者会短暂性的头晕、恶心等不舒服的症状，这是因为药物的作用导致的。
这种情况一般持续不会太久，大概一个小时左右就会逐渐消失。当出现头晕的情况时，患者可以平卧着休息一会，等到完全清醒之后再离开观察室。
无痛胃镜相对于普通胃镜而言，能够减少检查时间，也可以减轻患者痛苦，消除患者的紧张、焦虑情绪，而且更加的准确，同时麻醉后还避免了普通胃镜检查中因为患者不自觉躁动，引起的机械性黏膜损伤。