肛瘘高低位的区分主要是依据瘘管与肛直环之间的关系，肛直环主要是由肛门内括约肌和肛门外括约肌组成，当瘘管位于肛直环的下方，就称为低位肛瘘，而瘘管跨过肛直环上方就称为高位肛瘘。
低位肛瘘手术相对简单、瘘管明确，只要单纯将瘘管切除或者瘘管切开就可以完全治愈，对肛门括约肌的损伤比较小，所以术后并发症也比较少。但对于高位肛瘘如果直接将瘘管切开或者切除，就有可能对肛直环造成比较大的损伤，从而导致患者术后出现肛门失禁，所以高位肛瘘一般都采取挂线术治疗。