非淋菌性尿道炎未经治疗或者治疗不彻底可以引起泌尿生殖系统的并发症，男性可继发附睾炎或前列腺炎，病情严重者可出现不育；部分患者还可以出现免疫相关的Reiter综合征，即尿道炎、结膜炎和关节炎三联征。女性可继发输卵管炎、子宫内膜炎，宫外孕，不孕症及肛周炎症。新生儿经感染母亲的产道分娩时可继发感染引起结膜炎或肺炎。