1、体格检查：医生可通过视诊或触诊等方式协助诊断甲周疣，患者可表现为病变处典型皮损，灰褐色或棕色斑丘疹，表面粗糙，角化过度，质地较硬，触诊无明显压痛。
2、皮肤病理学检查：行甲周疣诊断，必要时可做组织病理学检查，显示为表面凸凹不平，角质层显著地角化过度并角化不全，棘层显著肥厚，表皮突向下延伸，在疣周围常向中心放射状弯曲，真皮乳头呈乳头瘤样生长，变细。此外，尚有灶性空泡化细胞，柱状成层排列的角化不全细胞以及灶性透明角质颗粒的浓集等三个显著征象。
3、醋白试验检查：用5%醋酸液涂抹皮损处，3~5分钟后变白色，可诊断HPV感染，敏感性高。
4、聚合酶链式反应：即PCR法，取病损处脱落的细胞通过分子生物学的方法，进行HPV的核酸检测及分型，快速敏感及特异性很高，阳性率可达80%左右。