小儿窦性心律不齐无心动过缓相关的症状，不必治疗，仅定期随诊观察。如果症状持续发生可给予药物治疗，特殊患儿可进行手术治疗。
一、一般治疗
小儿窦性心律失常多见于健康儿童，哭闹、情绪激动、体力活动后出现，也可见于病理状态如发热、贫血、休克、甲亢、缺氧、急性感染、心力衰竭、药物等，患儿需积极治疗原发疾病，去除诱因后心律可能恢复正常。
二、药物治疗
1、阿托品、异丙肾上腺素：窦性心动过缓时，多数患儿无自觉症状，有症状者常表现为嗜睡、拒乳、头晕、胸闷、乏力等。症状不明显者除常规病因治疗，无需特殊治疗。但如果症状持续发生，应给予阿托品、异丙肾上腺素治疗。
2、β受体阻断剂：为II类抗心律失常药，能减慢心律、减慢房室传导、抑制心肌收缩性、降低心肌耗氧，通常窦性心动过速、室性和室上性过快心律失常的治疗会选择此类药物，典型代表是普萘洛尔，主要不良反应是消化道反应、低血压、心力衰竭等。
3、钙通道拮抗剂：代表药物为维拉帕米和地尔硫卓。维拉帕米的不良反应主要是消化道反应、头晕等，静脉滴注有心动过缓、低血压等。
三、手术治疗
临时人工起搏器植入术：特殊患儿如心脏术后有阿-斯综合征者放置临时人工起搏器，以免发生心跳骤停而猝死。