颅底凹陷症严不严重，主要取决于其是否引起临床症状。如果出现了相应临床症状，就是比较严重的。该病起病绝大多数是在成年以后，临床症状可与畸形程度不一致，病情多呈进展缓慢的发展，尤其在头颈损伤和颈椎骨关节进行性退变时，可促使症状加快而显示出来。如果患者出现上颈髓及延髓症状，比如吞咽及呼吸困难，甚至瘫痪、感觉障碍，或者出现颅内压增高的症状，就需要高度的警惕，因为以上两种情况有可能会导致患者随时发生呼吸、心跳停止，就是非常严重的情况。所以，对于存在神经系统症状和体征，病情呈进行性发展的患者，建议早期手术治疗。