慢性肾小球肾炎的病理，根据原发性及继发性肾小球肾炎不同，其病理表现不同。常见的病理变化包括系膜细胞系膜基质增生，足细胞空泡变性，肾小球基底膜增厚硬化，肾小管及间质增生纤维化。根据其病理变化不同能够评估慢性肾小球肾炎的预后。对表现为肾小球硬化间质纤维化的患者预后多不良，这部分患者多较早出现肾功能不全，同时对临床治疗效果较差。