小儿急性化脓性甲状腺炎主要通过药物治疗，部分需要手术治疗，经治疗后一般预后可较好。
一、药物治疗
1、抗生素治疗：足量、足疗程抗生素治疗，一般选用青霉素类或红霉素类，如哌拉西林钠他唑巴坦、阿莫西林克拉维酸钾等，也可根据药敏结果选择敏感抗生素。大部分是混合感染，建议采用包括厌氧菌的广谱抗生素，前期可局部冷敷减轻红肿，后期可热敷促进循环减少肿胀，外用如意金黄膏可促进脓液吸收。
2、抗结核治疗：若为结核杆菌感染，需要用利福平、异烟肼、乙胺丁醇等药物治疗。
3、抗真菌治疗：在怀疑或确定真菌感染时，需要使用抗真菌药物，如伏立康唑等，可抑制或杀灭真菌。
二、手术治疗
当保守治疗效果欠佳或出现局部脓肿液化时，宜采用切开引流术，一般术后2~4周可痊愈。病变侵袭一叶，可考虑手术治疗。急性期后对证实有先天性梨状窝瘘者，必须做瘘管根除术，防止复发。手术应将瘘管、周围粘连组织及部分受累甲状腺一并切除。