脑型疟疾治疗首选药物是青蒿琥酯静脉注射，该药物副作用相对较少，疗效比较显著，也可以应用氯喹或奎宁静点。脑型疟疾是恶性疟疾最严重的一种类型，主要会引起高热、剧烈头痛、呕吐、抽搐等，可以出现不同程度意识障碍。脑型疟疾病情非常凶险，若没有获得及时治疗，病情可以迅速发展，病死率很高。
脑型疟疾目前治疗首选药物就是青蒿琥酯，患者神志恢复正常以后，可以改为继续口服2-3天。脑型疟疾出现时除了进行病原治疗，还要对症治疗，如出现脑水肿时，应给予脱水治疗，需要密切监测血糖，及时发现并纠正低血糖，可以应用低分子右旋糖酐静点，改善微血管阻塞。对于高热患者，可以应用布洛芬等解热镇痛药物退热治疗。如果体温超高热，短期可应用糖皮质激素。