棉签刺激婴儿肛门排便，一般是没有副作用的。婴儿有时候会有这种排便不规律的情况，有攒肚的情况，好几天不排便，可能是婴儿肛门排便的反射不是很敏感，这个时候可以给其一些刺激，最常用的还是开塞露灌肠的刺激排便，这个是临床上比较常用的方法，而且比较安全。棉签是一种物理刺激，也是可以的。如果刺激婴儿肛门排便，最好是用一些润滑油浸了棉签以后，再进行肛门部的刺激排便，能够避免黏膜组织的摩擦损伤。
如果是干棉签，对肛门直肠的黏膜会有损伤，甚至严重的可能会有擦伤，甚至出血的情况。所以棉签刺激肛门排便，最好是用一点润滑油，这样会比较好，包括石蜡油，甚至润滑油，浸湿以后在肛门上轻轻刺激，促进排便。