病毒性脑炎有特效药治疗，治疗病毒性脑炎的特效药就是抗病毒的药物，常用的抗病毒药物包括阿昔洛韦和更昔洛韦。
其中阿昔洛韦是作为指南推荐的首选的抗病毒性脑炎的药物，一般轻型的病毒性脑炎患者使用阿昔洛韦的疗程为两周左右，重度的病毒性脑炎患者使用阿昔洛韦需四周以上，具体疗程应根据患者的脑压、脑脊液细胞数以及生化结果确定。
除抗病毒药物外，糖皮质激素也是治疗病毒性脑炎非常重要的药物。因为糖皮质激素能够减轻脑膜的粘连和水肿，降低颅内压，改善病毒性脑炎的预后，常用的糖皮质激素包括甲泼尼龙、泼尼松和地塞米松等。